生物質鍋爐運行中消耗的生物質燃料，當然燃料也必須滿足一些條件才可以，如果其質量不達標或者規格不符的話，會直接造成生物質鍋爐的運行受到不良影響。除了生物質鍋爐給料必須合格之外，它的清洗系統也要設計合理。

作為生物質鍋爐的燃料，必須摻混均勻，不均勻的話容易出現層狀堆積，導致直線螺旋給料機進料時無法摻混均勻，出現單一燃料進入料倉，影響生物質鍋爐的正常運轉。

還有關于生物質鍋爐燃料的水分，不能超過設計規定范圍，避免造成燃料黏結，堆積密度增加，空隙率減少，在料倉堆積壓實，形成堆積墻，產生蓬料，尤其是單一螺旋不能運行時更加明顯。

另外，燃料內長纖維所占比例以及燃料的顆粒度大小，都會影響著生物質鍋爐的運行，要么因燃料黏結產生團狀連接，形成料塞，要么因燃料顆粒而增大堆積密度越大，產生蓬料和堵料。

生物質鍋爐清洗系統的設計也有很多講究，比如說臨時管道內不得有砂石和其他雜物，水平敷設的臨時管道朝排水方向的傾斜度不得小于1/200。.生物質鍋爐清洗泵入口應加裝小于5mm的濾網，且水箱水位應高于泵進口至少2m，目的是為了防止氣蝕。